數年前，人類以超級戰艦“轟天號”，在南極擊潰“哥吉拉”，並且將“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，還有許許多多的怪獸，對各大人類都市虎視眈眈。於是，人類成立了“地球防衛部”，專門對付各種怪獸的入侵。而地球防衛部最強大的成員，就是當年封印哥吉拉的“轟天號”以及其艦長“道格拉斯·戈登上校”。此外，為了應付怪獸對人類造成的困擾，地球防衛部特別甄選了有特殊能力的人類，這些“超人類”擁有普通人類所沒有的“M染色體”，讓這些人類擁有比普通人更強大的體能跟敏捷性，以應付怪獸的攻擊，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。就在不久之前，人們挖到一個巨大怪物的遺骸，而且怪物擁有機械跟生物的本質，懷疑能夠將生物跟機械結合起來的怪物應該來自於外太空。不久，尾崎真一收到來自嬰兒島“小美人”的警告，這個怪物是當年被“魔斯拉”給封印的“蓋剛”，蓋剛的出現代表著人類的危機。就在蓋剛出土不久，世界各地突然在同一時間，遭受到了各大怪物的攻擊，一時之間讓地球防衛部忙的焦頭爛額。但是突然出現的神秘飛行器，卻將這些怪物全部都帶走。這些自稱“X星人”的外星來訪客，聲明自己是人類的朋友，要跟人類建立起同盟關係，更聲稱有一個巨大的星球即將撞上地球。但是在尾崎真一還有道格拉斯等人的調查之下，發現根本就沒有神秘星球要撞擊地球。而那些怪獸根本就是外星人侵略地球所釋放的，X星人根本是要把人類當作糧食來利用。雖然外星人的真面目被揭穿，但是外星人擁有不可思議的超能力，還有手下聽命於外星人的巨大怪物。地球防衛軍最後被殲滅，只剩下轟天號還苟延殘喘著。此時，道格拉斯想出一個大膽的計策，就是解開南極哥吉拉的封印，讓代表地球最強大怪物的哥吉拉，去面對這些外星來的侵略者....