這一季的故事發生在上一季的3年後。這一季裡，託尼（卡洛斯·博納德 Carlos Bernard 飾）和米歇爾（蕾可·艾爾絲沃斯 Reiko Aylesworth 飾）結婚了，並且成為了CTU的主管，而傑克（基弗·薩瑟蘭 Kiefer Sutherland 飾）的女兒金姆也加入CTU成為了一 名情報分析員。劇情由一具被扔在洛杉磯衛生中心外並感染了致命病毒的屍體開始。一個墨西哥毒梟為了讓美國政府釋放自己的哥哥，以致命病毒為恐嚇。傑克也因此又踏上了反恐調查之路。而這一季裡面，傑克的調查並不順利，為了打入毒販內部，傑克不惜染上毒癮，這導致他在調查中困難重重。而白宮方面，獲得連任的鮑爾默總統（丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 飾）康復後身邊多出了一位私人醫生女友，而總統的弟弟韋恩成為了他的得力助手，在連任壓力面前，又要化解這場生化危機。總統還能像前幾次那樣給予傑克強有力的支持嗎？